利用紫外線殺滅水生傳染病菌的優點已經得到廣泛確認。其實，工業界是最早使用這項技術的先驅之一。今天，幾乎所有的工業都將紫外線技術應用到水處理系統中。殺菌消毒是紫外線技術在水和廢水領域中的主要應用。
1、殺菌：紫外線消毒器主要是利用254納米波長的紫外線光。此波長的紫外線光，即使是在微量的紫外線投射劑量下，也可以破壞一個細胞的生命核心，因此阻止細胞再生，喪失再生能力使細菌變得無害，從而達到滅菌的效果。
2、消除臭氧：紫外線消毒器主要是利用254納米波長的紫外線光。此波長的紫外線光，即使是在微量的紫外線投射劑量下，也可以破壞一個細胞的生命核心，因此阻止細胞再生，喪失再生能力使細菌變得無害，從而達到滅菌的效果。
3、降低總有機碳量：在很多高技術和實驗室裝置中，有機物會妨礙高純度水的生產。有很多方法可以把有機物從水中清除掉，較常用的方法包括使用活性炭和反滲透。波長較短的紫外線具有更多的能量，因此能夠分解有機物。
4、液體糖消毒：由于糖是很容易被細菌所利用的食物，因此很容易促成細菌繁殖。另外，液體糖是不透明的，所以很難進行消毒。為了彌補液體的黏稠度和顏色造成的能量損耗，很多紫外線發射器需要被緊緊地排列起來組成所謂的;薄膜;反應器。
5、降解余氯：在市政水處理和供水系統，加氯消毒是非常必要的。但在工業生產過程中，為了避免對產品產生不良影響，去除水中的余氯卻經常是必要的前處理。消除余氯的基本方法有活性炭床和化學處理。活性碳處理的缺點在于它需要不斷再生，而且經常遇到細菌滋生的問題。
6、表面和空氣消毒：用紫外線消毒器進行空氣消毒和紫外線用于水消毒一樣有很久的歷史。空氣消毒設備用于醫院、診所和凈化房間已行之有年。空氣消毒的原理和水消毒一樣。通常，紫外線燈可安裝在空氣管道里，位于盤管的前端，或裝在固定于墻上的架子上。當空氣經過時，空氣中的微生物就被殺死而變得無害了。
7、冷卻塔消毒：為了降低殺生劑的費用以及化學處理對健康的危害，紫外線系統可以安裝在冷卻塔的水循環系統中以起到殺菌的作用。如果和過濾器一并使用，紫外線可以有效的控制微生物在冷卻塔中的生長。雖然冷卻塔中仍然需要保留一定的殺生劑濃度，應用紫外線消毒器可以大大降低其使用量。
